JGI workshop

本想着访学后期能轻松地参加一场workshop,能学点东西最好,不能学到啥就当休假了。可是遭遇了半年的实验滑铁卢,最近实验才重新有点起色。在实验的关键时期,带着忐忑的心情,来到JGI。JGI总部位于加州Walnut Creek市,看起来挺新的一个城市。每每看到攒新的马路时,我就想起湘潭那些修好挖了又修的路。住宿相比当初美西游寒酸的 motel 好多了,至少看起来是个正规的酒店。

本以为JGI会围绕宏基因组分析流程逐步展开,没想到讲的跟command一点关系都没有。全程围绕JGI团队开发IMG系统,学习在线交互操作。如果要说有什么收获,我想有两点。一来接触很多以前不熟悉的前沿方向,比如宏病毒组(David Paez做了很多不错的工作)。二来JGI提供的吃的真是丰富,从早餐,上午茶,中餐,下午茶,生怕你饿着。

这次workshop有来自各个国家和地区的,有趣的是居然还碰到一个来自当初德国课题组的博士生(当然她依旧逃不过Kappler做硝酸盐还原铁氧化三个生境的故事)。

JGI还贴心地给大家准备了证书。

现在主流的pacbio测序仪,相比国内动则几十台的阵势弱了点。

新款的pacbio测序仪Sequel,JGI正在调试中。据说诺禾买了20台了,不知道数据质量如何。

Illumina公司新推出的novoseq,她的通量贼大,我主要觉得她外观长得好看。

最后这个看似不起眼的桌面测序仪就是现在很火的nanopore,我觉得这才是第三代测序的未来啊,不用扩增建库,上来就直接测,读长可以到几十kb。这个水平下,错误率就不再是一个考虑的必要条件了。

 

PS. 最后要给加州的空气正名,加州也是有蓝天的。

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