JGI 数据命令行下载

JGI 提供了三种数据下载方式:

  1. 网页直接下载;
  2. 通过 Globus 下载;
  3. 通过 API 命令行下载;

命令行下载方法:
第一步:生成cookies文件,该文件中保存着用户名和密码

curl 'https://signon.jgi.doe.gov/signon/create' --data-urlencode 'login=USER_NAME' --data-urlencode 'password=USER_PASSWORD' -c cookies
# USER_NAME 和 USER_PASSWORD 换成登陆用户名和密码

第二步:获取下载地址
Genome Portal 中搜索样品名,进入下载界面如下。点击 “Open Downloads as XML” 后得到 XML文件。

在XML文件中提取下载地址(url=”下载地址”)
如:

/ext-api/downloads/get_tape_file?blocking=true&url=/MetspLW13_2/download/_JAMO/531a42f549607a1be0056c4f/submission.assembly.fasta

第三步:下载文件

curl 'https://genome.jgi.doe.gov/ext-api/downloads/get_tape_file?blocking=true&url=/MetspLW13_2/download/_JAMO/531a42f549607a1be0056c4f/submission.assembly.fasta' -b cookies > 168131.assembled.KO

 

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